En gros que ce soit pour Windows ou Linux il faut que tu sépares ta partition système de la partition de tes fichiers.
Je sais pas si les installers de l'un et de l'autre font ça automatiquement. Je suppose que sur windows tu vas te retrouver avec tous les dossiers qui sont habituellement à la racine (program files, windows, etc...) sur le SSD et le dossier utilisateur sur le HDD ? Normalement c'est monté de manière tranparente et tout apparaît sous C: