Alors si on en crois wiktionnaire, en latin le mot à le même sens que merde aujourd'hui, et viendrait de l'indo-européen pour "sentir mauvais". ( https://fr.wiktionary.org/wiki/merda#la )
Apparemment le mot pute à une origine similaire mais plus récente. ( https://fr.wiktionary.org/wiki/pute )
Alors autant, pour désigner une personne, c'est vraiment pas cool, et ça ne désigne pas directement la prostitution, donc le terme est intrinsèquement insultant. Normal que ce soit un gros mot en fait.
Autant pour de la matière fécale, c'est finalement assez descriptif.